På selveste julaften finner tre hjemløse – alkoholikeren Gin, tenåringsrømlingen Miyuki og den gamle dragartisten Hana – en forlatt baby. Egentlig vil de (i alle fall Hana) beholde barnet, med de leter likevel etter foreldrene. Jakten bringer dem rundt i et vinterlig Tokyo hvor de møter mennesker som kan lede dem mot en løsning på mysteriet, men som like ofte har en link til deres fortid.

Tokyo Godfathers er et mysterium, en komedie og en krim, men mest av alt er den et bevis på at animasjonsfilm kan være like levende og berøre like mye som en hvilken som helst live-action film. Den krever ikke at du tror på julenissen eller mirakler, men insisterer på at du tror på det gode i mennesket.