Vi befinner oss i et alternativt Frankrike på 1980-tallet og følger den 13 år gamle Alpha som kommer tilbake fra en fest med en mystisk tatovering. Kort tid etter begynner en merkelig sykdom å spre seg. Smittede mennesker begynner bokstavelig talt å forvandles til marmorlignende statuer. Etter hvert som epidemien forårsaker frykt, kjemper Alphas mor, som også er lege, for å beskytte datteren sin fra å bli syk, utstøtt og forstenet. Alpha er en personlig film som kombinerer klassisk body-horror og et portrett av en familie i skyggen av en pest.

Regissør Julia Ducournau bruker sykdommen som en AIDS-allegori, og utforsker temaer som stigma og traumer mellom generasjoner. Den følger perfekt i fotsporene til hennes tidligere verk: Raw og Titane.